ＪＡ阿蘇では、本所の営農部を中心に地域内に小国郷営農センター、中部営農センター、南部営農センターを配置し営農業務の支援を行っております。
また、本所および各営農センターでは、

• 農産課
• 園芸課
• 事業課
• 生活福祉課
• 畜産課

を置き、地域に直結した活動を展開しております。